Im Jahre 1407 erklärte sich Herzog Stephan der Kneißel bereit, eine zweite Pfarrkirche zu stiften und zu erbauen. Am Südostportal befindet sich eine Gedenktafel, die den 18. Mai 1425 als Tag der Grundsteinlegung nennt.

Begonnen wurde im Osten mit dem Hallenchor mit Umgang. Vier Jahre später erfolgte dann die Anfügung der Seitenkapellen in diesem Bereich. Herzog Ludwig der Gebartete bestimmte 1429, dass die Kirche das Erbbegräbnis seiner Familie aufnehmen solle, dass tiefe Eingriffe in das Baugeschehen zur Folge hatte. 

Kriege und Geldmangel verhinderten immer wieder ihre Vollendung. Durch einen Gandenbrief vom 14. August 1487 des damaligen Papstes Innozenz VIII. erhielt der Bau einen weiteren Schub. Dieser Brief erlaubte den Bürgern, die zum Kirchenbau freiwillig Geld in Höhe des Lebensunterhalts eines Tages beisteuerten, auch an Fasttagen Milch, Butter und Käse zu essen, was damals verboten war.
Im Jahre 1503 wurde mit der Einwölbung des Mittelschiffes begonnen, die Einwölbung der Seitenkapellen erfolgte um 1510. Ungefähr 10 Jahre später wurde der Bau abgeschlossen.

Das Bauwerk verfügt über zwei Türme, die bis heute jedoch noch nicht vollendet sind. Im Stadtarchiev Ingolstadt befindet sich ein Plan des Südturms, der für die Vollendung der Türme eine Höhe von ca. 86m vorsah. Zudem sollten sie ursprünglich keine Hauben sondern Spitzen erhalten. Der Südturm ist bis zum Knauf ca. 69m hoch, die Höhe des Nordturmes beträgt ca. 62m.

Im Jahre 1438 schenkte Herzog Ludwig der Gebartete der Kirche ein Marienbildnis, das vom Volk die "Gnad" genannt wurde. Das Bildwerk selbst wurde 1801 zerschlagen. Eine Urkunde des Herzogs legte den Namen "Zur Schönen Unserer Lieben Frau" fest.

Die Kirche wird im Volksmund auch "Obere Pfarr" genannt. Bischof Michael Rackl von Eichstätt verfügte im Jahr 1947, dass die Kirche den Titel "Münster" erhalten und im amtlichen kirchlichen Sprachgebrauch "Liebfrauenmünster" genannt werden soll.

Quelle: Kirchenführer